Clairac est une bastide fondée en 1281 par Edouard Ier, roi d'Angleterre (l'arrière petit-fils d'Aliénor d'Aquitaine) et par l'abbé de l'abbaye de Clairac. L'Ordre à Clairac était bénédictin et l'abbé était traditionnellement nommé par le pape.
Au XIIe siècle, les moines de Clairac ont croisé un arbre de quetsche ramené de la Syrie avec une prune locale, créant ainsi une nouvelle variété qu'ils ont appelé la prune d'Ente, du vieux verbe français "enter", ce qui signifie "greffer". Les moines de Clairac ont également été les premiers à se rendre compte que le fruit peut être conservé pendant une année entière après avoir été séché au soleil. Ainsi Pruneau d'Agen devrait correctement être appelé Pruneau de Clairac !
En dépit de son héritage catholique, Clairac était un centre actif dans la propagation de la foi protestante après 1530 et a été attaqué à plusieurs reprises par les armées catholiques. Après un siège en 1621, dirigé par Louis XIII lui-même, les murs de la ville ont été rasés au sol et la population protestante mise à l'épée.
Au XVIIIe siècle, Clairac était l'un des principaux ports de la basse vallée du Lot et a été le premier en Europe à cultiver le tabac. Beaucoup de granges dans la région étaient à l'origine du tabac granges de séchage.
Aujourd'hui, comme toujours, Clairac est au cœur de l'agriculture locale. La vallée du Lot est une riche plaine inondable fertile, avec une large gamme de produits y compris les arbres fruitiers omniprésents, les fraises, le maïs et le tournesol.