Le site de Puymirol est habité depuis la plus haute antiquité. Les plus anciens textes connus disent que ses coteaux étaient "boisés et reboisés". Sur le plateau de Boulet et du Rat, on découvre de nombreuses haches polies en pierre serpentine ou galets roulés. Un peu partout, mais surtout sur les coteaux on découvre encore des flèches, couteaux, haches en pierre éclatée et surtout en pierre polie, silex taillés et silex polis. Des ossements de renne et de cervus magacéros sont trouvés sur le chemin de ronde de Puymirol.
Les gaulois ont habité Puymirol... On trouve à Cap del Rat qui semble avoir été le premier emplacement de Puymirol, et à Mercadé près duquel s'élevait la ville disparue de Clairac ou Cléracio (d'où est sorti le nom de St Pierre de Clairac), de nombreux débris de poterie d'un grès brun (terre cuite au soleil) ou d'un rouge mat (terre cuite au four et non peinte). Ces débris appartenaient à des petites coupes et de grands plats, des amphores grossières pour l'huile et le vin, ainsi que les poissons, ou de grandes jarres qui tenaient lieu de tonneaux. Laspeyres, ancien port de Puymirol sur Garonne tire son nom d'un cromlech disparu.
