Le village dont l'origine remonte à la période romaine, voire celte, doit son nom "Papanheim" à la nombreuse présence de domaines appartenant à des couvents et monastères. Les recherches actuelles tendent à prouver une présence antérieure sur le site, les "prêtres" pouvant être des "druides".
Le commerce du vin devait être florissant : en effet, nombreuses sont les maisons patriciennes datant de la Renaissance et dont il reste de magnifiques tours abritant des escaliers en pierre de taille. Le village comptait aussi trois châteaux, qui étaient plutôt des maisons fortes et dont il ne reste malheureusement plus de trace.
Qui dit richesse, dit convoitise, et Pfaffenheim a payé chèrement cette prodigalité de la nature puisque le village a été détruit à trois reprises : en 1338 par les armées de l'empereur de Bavière en lutte avec l'évêché de Strasbourg, en 1444 par les Armagnacs, et en 1525 au cours de la Guerre des Paysans.
Aujourd'hui, Pfaffenheim est un village viticole situé sur la Route des Vins d'Alsace et présente de nombreuses curiosités comme la chapelle du Schauenberg sur les hauteurs du village.
