Prats-de-Mollo-la-Preste, "Pratis in Valis Asperis", le pré dans la vallée sauvage, apparaît pour la première fois en 878. La première église est consacrée en 982 ; des moines de l'abbaye d'Arles sur Tech évangélisent le pays. En 988, "Vila Pratis" devient ville comtale des comtes de Besalù qui y bâtissent un petit palais pour y séjourner l'été. De 1242 à 1649, les Rois d'Aragon protègent la ville et la dotent de privilèges : suppression de certains impôts, création d'une université, délégation de députés au "Corts Catalans" premier parlement connu en Europe, statut de "ville franche", gratuité de la justice. Ces privilèges lui assurent une prospérité continue grâce au développement de l'industrie des tissages de drap, celle du fer par le procédé des forges catalanes, et l'élevage.
En 1659, la ville est rattachée au royaume de France à la suite de la signature du Traité des Pyrénées. La ville, avec à sa tête Joseph de la Trinxeria et sa troupe de volontaires armés "Angelets de la Terra" résisteront pendant plus de 10 ans aux tentatives royales d'imposer l'impôt sur le sel dit la gabelle.
Ce rattachement provoque un appauvrissement de la vallée privée de ses débouchés traditionnels sur Barcelone et la Catalogne. Vauban dirige les travaux de renforcement de la ville et la construction du Fort qui s'inscrivent dans le programme des fortifications du département.
En 1793, la population ouvre les portes de la ville aux troupes du Général Ricardos qui après avoir envahi le Roussillon seront repoussés lors de la bataille de Peyrestortes.
Au XIXe siècle, une francisation rigoureuse, la création de la route en 1870, le chemin de fer, entraînent le départ de nombreux habitants confrontés aux difficultés de l'agriculture de montagne.
En 1939,100 000 réfugiés républicains espagnols transitent par Prats de Mollo, c'est "La Retirada".
En 1940, des chutes de pluies diluviennes durant plus de 3 jours provoqueront la crue du Tech (L'Aiguat) : routes, maisons, usines sont emportés. L'économie de Prats est ruinée.
Aujourd'hui grâce à l'efficacité des eaux de La Preste, la ville a réussi à reconvertir son économie vers le thermalisme et le tourisme.
